El arte religioso fue una herramienta fundamental que los conquistadores utilizaron para la colonización y propagación de la fe católica en la población nativa. La conquista territorial y espiritual durante el siglo XVI dio lugar a la construcción de numerosos edificios militares, conventos e iglesias, donde se aprovechó la habilidad y creatividad del nativo que aplicó sus conocimientos como también las nuevas técnicas europeas que los conquistadores les enseñaron.
Como parte de la educación que se impartió a los nativos, se crearon escuelas de imaginería y pintura cristiana, para proveer la decoración necesaria para vestir los numerosos templos y monasterios levantados en América. Entre las más importantes podemos citar a la Escuela Mexicana, Quiteña, Cuzqueña y Potosina.
Los indígenas eran entrenados en el correcto uso de la iconografía sagrada, utilizando como modelo ilustraciones de distintos libros de teología y catecismo.
Esta inconfundible imaginería pictórica y plástica está representada en el Museo a través de numerosas tallas, santos y crucifixiones, a los que se suman varios cuadros de la escuela quiteña y cuzqueña así como puertas de las misiones jesuíticas y varios ejemplares de mobiliario del siglo 18.Las imágenes religiosas son fundamentalmente tallas de madera policromadas, algunas con incorporación de pelo natural, cuero y tela, encontrándose dentro de la colección múltiples diferencias estilísticas, unas provenientes de Europa y otras adaptadas por la vivencia religiosa de los artistas nativos.
